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玻璃的任务后，先后发出悬赏计六千两白银，鼓励内府工匠进行玻璃的工艺创新；在万历二年上半年，他又成立了专门的实验室，来试验皇帝的各种想法。
短短三年，实验室把平板玻璃制取由吹筒法而改进到平板法；随后因为烧炭价格高昂，又改进了燃料，用煤来制取焦炭来烧制玻璃。
但焦炭烧制的玻璃一直有些发黑，这困扰了实验室的工匠们很长时间。按照皇帝的指示，也依据中华民族炼金术传统，工匠们试着往里面加了点铅——没好用。
直到有一天，某个自肥皂厂升职到皇家实验室的田姓工匠突发奇想，又往里面加了点草木灰滤清液的结晶，神奇的变化终于发生，大明领先英国大概七十年，率先发明了高透明的铅玻璃。
朱翊钧穿越到明代以后，也深思过著名的“李约瑟难题”，即中国明代为什么没有如同欧洲生发出科学。
他记起以前随意在网上浏览时，曾经看过一个键盘侠给出了一个特别夺人眼球的答案——就是因为中国没有发明高透明的铅玻璃。
这位兄台的理论能有好几千字，概况起来是铅玻璃的诞生，导致了光学、磨镜技术的突飞猛进，而随着人类的双眼解放，压制欧洲数百年的神学基础才发生了动摇。最终，古希腊留下的逻辑、科学种子杂交，终于在突破中世纪桎梏的欧洲发芽、开花，结果。
朱翊钧倒没有全盘接受这一理论，但铅玻璃的发明确实是他发展大明医学必不可少的一步。万历二年十一月份发明了铅玻璃，万历三年正月，第一台显微镜就送到了医学院——朱翊钧这个穿越者，真正意义上推动了历史的车轮转到了一个未知的方向。
显微镜的发明，促进了大明的微生物学从无到有，茁壮成长。而皇帝的格物之论，也从京师逐渐生发，又经过报纸的宣传，慢慢扩散到了整个天下。
有了这一利器，再加上解剖学的配合，京师医学院在万历三年先后突破了伤寒、疟疾、血吸虫三大疾病的致病机理。
有了机理，防治就有了方法。医学院利用朱翊钧指导的卫生防疫知识，经过精心准备，万历三年底献上《疫病防治》医书一部，朱翊钧随即颁行天下并在两京报纸上连载。
定下了伐缅之议后，医学院将按照皇帝旨意，派出教师五人，学员三十人，在京营先开展一波疫情防治卫生条例的宣贯；随后精选出聪明伶俐的士兵三百，紧急培训外科急救知识，到战场上当医务兵使用——而这些教师、学员，将在战场后方建立世界上第一个野战医
