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还要利用他喜欢考证、钻研的性格，从事对牛痘的研究。
明代嘉靖初年之后，天花在帝国广泛流行。朱翊钧在万历二年初曾经接奏报，宁国府有医名傅思川者，掌握“人痘熟苗”之法，以为小儿种痘获利，“百余小儿种痘，仅一、二不存。”
朱翊钧不知道的是，从傅思川手中流传出去的人痘术，简直是以光速传播到阿拉伯世界，又把西方从天花肆虐中给挽救了出来。
人痘曾经被大哲学家伏尔泰这般评价：“我听说一百年来，中国人一直就有种痘的习惯；这是被认为全世界最聪明、最讲礼貌的一个民族的伟大先例和榜样。”在西方思想启蒙发生之时，若没有傅思川的人痘术，不知多少人才将死于天花病毒。
这奏报提醒了朱翊钧，必须将牛痘在帝国的普及提上日程。他知道天花是人类消灭的唯一一个传染病，也知道其疫苗来源于牛痘，但他不知道，直接用牛痘中的脓液来种痘，是否可行。
于是他将傅思川从宁国府召入京师，指导一番后，令其研究牛痘。但傅思川的人痘之法来源于其祖上，自己并无科研能力，用摆弄人痘的方法来从事牛痘的藏苗和贮苗，无一成功。
此时，朱翊钧又想起了李时珍，即下令锦衣卫湖广局寻找他，并让他进京——但因为湖广局开始时没跟李时珍说清楚，到了八月底李时珍才进京接了这个任务。
比李时珍提前进京的，还有“医圣”万全万密斋、精通外科的陈实功等多名此时已经名显当世的医学大家。
万全虽此时已经年逾古稀，但在皇帝谕旨召唤之下，还是将包括《内科要诀》、《幼科发挥》、《育婴秘诀》在内的《万密斋医书十种》包在行李内，和六个徒弟一起带到了京城。
因为名显天下，万密斋一进京，满京城轰动。这勋贵重臣之家，险些把帖子和礼物堆满了万全赁居的宅子。因为这老头医德高尚，“视人之子如己之子”，不会拒绝人，这请他去看病的从第一天开始就排到了两个月之后。
朱翊钧见不是头，怕他累着了，连忙派人将他请进宫，又如同菩萨一样供奉在太医院。这太医院的诸位太医见万密斋来了，连争胜的念头都没有，个个扁扁的服，把老爷子哄得日日开心，一点都不水土不服。
让万密斋给两宫太后和自己检查了身体，并上了一堂养生课之后。朱翊钧正式召见万密斋、陈实功等人，将自己的目的和盘托出——要趁着此际手头宽裕的机会，重立太祖初期设立的医学提举司，并设立明代第一个真正意义上
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